邵树德已经安坐烟台港好几个月了。如今山东的局势相当微妙，但短期内看来似乎也无任何大战的可能。
在攻克济南后的四个多月时间内，东岸军队趁着清军主力云集山西，平定该地的姜镶、王永强、高友才、韩昭等人的叛乱时，在山东迅速清扫清军残余势力。6月下旬，茅德胜率领的步骑主力向北攻击德州，清军数千满蒙八旗接获指令后退入河间府境内，断后的李率泰部绿营坚守城池五日，后被击破，麾下七千余军队大部投降，少许死硬分子死于巷战。
6月30日，邵树德率部分得胜之军南下，进击由淮安府北上的高第及退守此地的孔希贵部残兵。7月10日，双方在沂州大战，清军大溃，损兵两千余人，余部皆退往徐州；7月中旬，东岸大军并杜冲引来的两万多农民军一起杀进徐州，一番大战后再度击溃清军，孔希贵所部遭到毁灭性打击，其本人仅率数十骑狼狈南逃，与高第一起退入淮安府境内；8月上旬，在淮安府北部大掠一番后，邵树德下令收兵返回济南。
回到济南后，一边紧张地组织物资搬运工作，一边大力搜罗东岸所需的各类手艺人；到了入秋后，又征发民夫收割田野里的粮食，然后统统装车运回登州。除预留了少量口粮给当地百姓外，邵树德是一粒粮食也不愿留给清军。
到了10月下旬时，济南府、东昌府、兖州府、青州府地里的粮食收割结束，济南城近些年来的积蓄（崇祯十五年济南已被入关清军屠戮抢掠一空）也已被东岸人搬空，就连其城墙也被尽数拆毁，再也不复当年旧观。而此时北征德州的茅德胜部主力，也刚刚从河间府诸州县返回，同时还驱赶着大量百姓和牛羊。无论是百姓还是牛羊，都将被送到登州去待命，或者运往东岸本土，或者等待开春后运往后方库页岛。
11月初，由数千蒙古马队组成的清军前锋在河间府、归德府一带连续击破榆园军各部，这是半年多以来，八旗兵首度出现在山东左近；11月10日，更多的消息从陆续溃退回来的榆园军处传来：清军已经陆续攻克大同，姜镶败亡；由于山东情势紧张，多尔衮在攻破大同之后，第一时间责令敬谨郡王尼堪率领满蒙八旗前锋数千人直扑与山东交界的河南、北直隶各府，以迅速稳定局势，不让战火彻底蔓延到北方诸省。因此时山西局势尚未彻底平定，除姜镶、王永强二人伏诛外，其余各地多有踞城而守的“逆贼”，因此谭泰、满达海、博洛等人率领的八旗主力，仍在和吴三桂、李国翰、石廷柱、左梦庚等汉军将领一起“平贼”。
当然以上消息并不是榆园军们带来的，而是茅德胜、邵树德、张旭东、杨明阳等东岸主要军政官员，通过各种消息以及历史轨迹判断推导出来的，而实际上他们的判断很准，基本符合事实。
虽然认定了清军主力一时间仍然难以集结起来进攻山东，但邵树德却不打算在济南府一带继续逗留下去了。长期征战了整整一年，东岸大军士卒皆有些疲惫，因此还是早些返回登州为妙。正好也趁此时机论功行赏，并彻底整编一下各部仆从军。
12月初，随着越来越多的清军出现在北直隶、河南一带，邵树德终于率军离开了济南城，直朝登州府而去。此番回师，因为船只都已被征调去运输移民，因此大军只能靠两只脚走回去了。邵树德撤后，茅德胜率领的东岸陆军主力也开始缓缓收拢，依次撤离了济南府。他们走之前，也分派了大量信使去到各路抗清义军营中，向他们痛陈厉害，希望他们不要做无谓的牺牲，与东岸人一起撤到登莱二府安身，也好“互相照应”。
只可惜榆园军等地方土贼恋家难舍，不愿东去登州，他们打算返回东昌府的老营固守，就像这十几年来所做的一样。其他各路人马也差不多是同样的意思，只有丁维岳的团练军、曹州李化鲸反清义军残部，以及追随杜冲的少量骡子军愿意东去登州看看。
茅德胜对此非常惋惜。他觉得这些人虽然战斗力不咋滴，但抗清意志却普遍很顽强，至少比姜镶、金声桓、李成栋之类的投机分子要强多了。随着清军平定山西局势——这差不多就是接下来几个月内的事情——精锐的满蒙八旗主力以及大量绿营也将能够随之东调山东，这对山东西三府的各路抗清义军而言几乎是致命的。只可惜他们都是“坐寇”，而不是“流贼”，乡土意识又浓，几乎很难说服他们放弃老巢去一个人生地不熟的所在，最终的下场多半是被清廷一一剿灭。
东岸主力撤走后，12月底，谭泰、博洛二人也率军抵达北直隶河间府，瓦克达、满达海、吴三桂等人继续在山西清剿，固山额真李国翰、陕西总督孟乔芳等人率军返回西安，因为据报贺珍那厮已经沿着李自成败退湖北的旧路，从湖广西部、陕西南部的群山中一路反攻了回去，目前已经直逼西安左近，形势万分危急，由不得二人不回救。
陕西都如此危急了，前阵子刚刚被清军攻陷了大半的四川就更是不堪了。六月，张献忠大军围攻成都百日，终于克下了此座川中名城。随后，张献忠义子孙可望领数万兵东行，攻取川东地区，然后一路南下，以迅雷不及掩耳之势克复重庆，威震一时。与此同时，刘文秀、艾能奇二人亦率部分兵力南下，监视正处于内乱中的杨展所部明军，并伺机进取。至于张献忠本人，则和义子李定国一起攻取成都附近州县，并在李的劝说下准备深固根本，学李闯当年在襄阳立军制官制，打算将川中当做根本来经营。最后，他还派遣了少许骑卒进入川北，一面招降当地清军，一面打探汉中消息，似有北进意图。
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